groundwalker.com
普段使う文字コードは UTF-8 だ。Aquamacs（Aquamacs : emacs に戻る (groundwalker.com)）（たぶん Emacs でも）は、だいたいちゃんと文字コードを自動判定するが、ときおり Shift-JIS で開いてくれる。これはデフォルトで Shift-JIS のほうが優先順位が 高く設定されているからで、UTF-8 の優先順位を高くすればよい。で、設定方法。
(prefer-coding-system 'utf-8-unix)
ちなみに、現在の優先順位は coding-category-list を見るとわかる。あと、もし別の coding-system で開き直したかったら、C-x RET c coding-system C-x C-v