php4 の場合、magic_quotes_gpc ( GET/POST/Cookie のシングルクォート等を自動的にエスケープするモード) が デフォルトで On になっており、これは ' を \' とエスケープするが、SQLite では ' を '' (シングルクォート2つ)でエスケープするので、注意が必要である。
いずれにせよGPCなデータが暗黙的にエスケープされることを前提とするのは誤動作/セキュリティホールを生みかねないので、この magic_quotes_gpc = Off にしてアプリケーション側で使用するデータベース等に合わせて明示的にエスケープ処理を行うべきだと思う。PHP 5.2 くらいからデフォルトで Off になったんだっけ(うろおぼえ)
sqlite_* 系を使う場合は、magic_quotes_gpc = Off にした上で、PHP: sqlite_escape_string - Manual を使うとよさげ。ただ、その前に PHP: mb_check_encoding - Manual 等でデータチェックはかけておこう。