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スキーマ定義は別ファイル管理にして、読み込みたいものである。例えば、

sample.schema

create table user (
 id text primary key,
 email text not null unique
);
create table data (
 id text primary key,
 content text not null
);
create table user_data (
 uid text,
 did text
);

として、データベース sample.db にテーブルを作成するコードはこんな感じ。

...
$sql=file_get_contents("sample.schema");
$db=sqlite_open("sample.db");
$result=sqlite_exec($db,$sql,$error);
...

ポイントは sqlite_query() でなくて、sqlite_exec() を使うことである。sqlite_query()も複数ステートメントを実行可能だが、返り値（結果ハンドル）を取得すると最初のステートメントしか実行されないからだ。分かりにくいな、もう。sqlite_exec()は SQL文の実行結果（成功/失敗）を返してくれる。